산재 요양기간중 근무에 대한 문의입니다

저는 2010년 11월부터 현재까지 회사업무로 인한 질병 발생으로 인해 요양중에 있습니다.
2011년 6월에 요양급여신청을 했으나 불승인을 받았고, 행정소송까지 가서 몇일전에 승소를 해 요양불승인 취소처분을 받았습니다.
요양기간은 2010년 11월부터 지금까지 진행중입니다.

회사의 무리한 업무로 인해 심한 질병이 발생해 병원에서 검사를 받았고,

2010년 11월부터 요양을 시작했습니다.
요양을 시작하기 이전의 수입은 매월 220만원가량 되었습니다.

2010년 11월부터 2011년 2월까지는 출근도 하지 않았는데 매달 통장으로 기본급(100만원 가량)이 입금되었습니다.
참고로, 저와 아무런 의논이나 협의도 없었습니다.

2011년 3월부터 2011년 5월까지, 여전히 요양중이던 저를 회사에서 억지로 복귀를 시켜 간단을 업무를 맡겼습니다.
복귀 하루만에 몸에 무리가 가서 요양을 계속해야겠다고 했지만,

일이 없을때는 출근을 하지 않아도 된다고 하며 거의 기본급에 가까운 월급(100만원 가량)을 받으며 출근해야 했습니다.
 
이 기간중 1/3은 출근도 하지 않았거나, 업무가 거의 없어서 휴게실에서 대기만 해야 했었습니다. (업무보고서 기록있음)
하지만, 이로 인해 질병이 심하게 악화되어 결국 2011년 6월에 재검진을 받고, 재요양을 시작했습니다.

2011년 6월이후부터 현재에 이르기까지 수입이 전혀 없어 경제적으로 많이 어려워졌습니다.
병원으로부터 수술권유를 받았으나 역시 경제적인 이유로 지금껏 수술을 못받고 있습니다.

행정소송 승소 판정이 나기 전,
회사로부터 추후에 부담해야할 누적된 의료보험금이 부담된다는 연락을 받았고,
그후 장기간 무단결근이라는 이유로 해고통지를 받았습니다.

병원검진기록을 보신 회사대표님이 직접 요양과 산재신청을 권유하셨고,
회사 경리언니가 간간히 연락을 해서 산재신청 사항을 다 보고 받았는데도 말입니다.

회사로부터 해고통보를 받은이후,

행정소송 승소판정이 났고,
그로인해 회사의 해고통보는 요양기간중 부당해고에 해당되기에 해고취소처리가 되어야 한다고 들었습니다.

이후, 요양급여신청을 받는것도 그렇고, 회사의 퇴직금 계산시에도 그렇고...
요양기간중의 재근무가 크게 영향을 미칠까요?

재근무라고 해도...
본인의 의사에 반하는 재근무였고,
제대로 출퇴근을 한것도 아니고,
수입도 최초 요양 이전과 비교해 반도 안되는데도 말입니다.

추후 회사부담 의료보험금과 퇴직금을 줄이기 위한 회사측의 위장이 아닌가 의심이 될 정도입니다.